Несмотря на оптимизацию коечного фонда, финансирование учреждений здравоохранения не уменьшилось. При сокращении коечного фонда увеличиваются тарифы на медицинские услуги в системе обязательного медицинского страхования. В настоящее время около 60 % выделенных средств направляется учреждениями здравоохранения на заработную плату. При этом руководитель учреждения самостоятельно определяет необходимое количество штатных единиц, утверждает штатное расписание и имеет право устанавливать индивидуальные нормы нагрузки работников по согласованию с профсоюзными комитетами в зависимости от конкретных условий труда с широким участием в обсуждении трудовых коллективов.
При выполнении учреждением государственного задания на оказание услуг средства от экономии фонда оплаты труда остаются в учреждении и могут направляться на стимулирующие выплаты работникам.
В связи с переходом на новую систему изменились основные принципы оплаты труда в здравоохранении. Стали учитываться не только результаты труда коллектива лечебно-профилактического учреждения или его отделений, но и индивидуальный вклад каждого работника на своем рабочем месте. Каждый работник может реально увеличить свою заработную плату за счет качества и количества проделанной работы. Критерии эффективности работников разрабатываются в каждом учреждении отдельно, согласовываются с трудовыми коллективами, а все параметры заработной платы прописываются в трудовых договорах. Заработная плата работников предельными размерами не ограничена, может увеличиваться по-разному, в зависимости от того, как будет оценен труд работника.