Данный отдел начал работу с 1 января 2008 года и осуществляет полномочия, которые ранее осуществляла Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения и социального развития. К ним относятся: лицензирование медицинской деятельности организаций муниципальной и частной систем здравоохранения, фармацевтической деятельности, деятельности, связанной с оборотом наркотических средств и психотропных веществ, осуществление контроля за соответствием качества оказываемой медицинской помощи установленным федеральным стандартам в сфере здравоохранения.

За 6 месяцев 2009 года специалистами отдела проведена 231 проверка возможности выполнения лицензионных требований и условий, 57 плановых и внеплановых проверок соблюдения лицензионных требований и условий. Лицензирующим органом предоставлена 221 лицензия на медицинскую деятельность, фармацевтическую деятельность, а так же деятельность, связанную с оборотом наркотических средств и психотропных веществ.

Контроль за соответствием качества оказываемой медицинской помощи установленным федеральным стандартам осуществляется в форме плановых и внеплановых проверок. За указанный период было проведено 22 проверки, в том числе: 16 - в организациях муниципальной формы собственности, 5 - в организациях частной формы собственности, 1 - в организации государственной формы собственности.